홍기선은 대학 재학시절 영화써클 ‘얄라셩 영화연구회’를 만들어 수퍼 8mm로 다수의 학생 영화를 공동으로 제작했으며, 졸업 후‘서울영화집단’ 회원으로, 역시 수퍼 8mm와 16mm 카메라로 한국 사회의 현실을 묘사한 다수의 극영화와 다큐멘터리 작업을 하였다. 1988년에 영화제작집단 장산곶매를 설립하여 광주민주화투쟁을 다룬16mm 장편 <오! 꿈의 나라>(1989)를 제작하였고, 1992년에는 새우잡이 배 선원들의 삶을 통해 한국 사회를 조명한 35mm 장편 <가슴에 돋는 칼로 슬픔을 자르고>(1992)를 각본, 감독, 제작하여 산레모영화제 등 국내외 여러 영화제에서 상을 받았다. 2003년에는 인간의 양심의 문제를 다룬, 비전향장기수 영화 <선택>(2003)을 감독, 제작하였다.