한국은 현대사의 비극적 사건들을 많이 간직하고 있는 나라이다. 그런데 그 비극적 사건들은 제대로 규명되거나, 관련자들이 처벌되거나 하지 못한 채 그대로 남아있다. 가해자는 버젓이 냉전논리를 간직한 채 만세를 부르며 살아가고, 피해자와 유가족들은 명예회복도 하지 못한 채 좌익이라는 이름으로, 부역자라는 이름으로 울분을 간직한 채 지금까지 살아야 했다. <전쟁은 끝나지 않았다>는 한국전쟁 이후 전국에서 자행된 민간인 학살 문제를 다루고 있다. 영화는 ‘통합특별법 제정’을 위한 농성을 시작하는 장면에서 출발한다. 그리고 관련자와 전문가들의 인터뷰가 이어진다. 고양시 금정굴에서 희생된 민간인들에 대한 진상규명과 위령탑 건립을 위한 유가족들의 농성이 이루어진다. 금정굴 발굴 현장에서는 뼈만 앙상하게 남은 150여구의 유골이 발견된다. 이 충격적인 역사적 진실이 생생히 드러나고 있음에도 불구하고 고양시 의회에서는 ‘금정굴 위령사업 촉구 결의안’을 부결시킨다. 그리고 사건 당사자들이라고 할 수 있는 ‘태극단원’들과 유가족들의 언쟁이 벌어진다. 우리사회는 아직도 역사의 과오를 덮어두려고만 하고, 진실을 밝히려는 노력을 하지 않는다. 그리고 보수우익들의 과격한 투쟁이 격화되고 있다. 불행한 한국전쟁은 지금까지도 계속되고 있는 것이다.